Кафедра «Математическое моделирование» (ФН-12) образована на факультете «Фундаментальные науки» приказом ректора МГТУ им. Н.Э. Баумана от 29 января 1997 года. На сегодняшний день коллектив кафедры возглавляет член-корреспондент РАН Крищенко Александр Петрович.
В штате кафедры трудятся 12 профессоров, докторов наук, 34 доцента, 13 старших преподавателей и 4 ассистента.
Кафедра является выпускающей и принимает участие в подготовке сту
дентов факультета «Фундаментальные науки» по специальности «Прикладная математика». Ежегодно на кафедру поступает около 20 абитуриентов, специализирующихся в области математической теории управления динамическими системами, по программе подготовки бакалавров продолжительностью четыре года. Также проводится набор студентов в магистратуру, где программа обучения рассчитана на два года.
В обучении студентов принимают участие ведущие специалисты кафедры, а также сотрудники Института Системного Анализа РАН (ИСА РАН), Института Проблем Управления РАН (ИПУ РАН) и факультета Вычислительной Математики и Кибернетики МГУ им. М.В. Ломоносова.
C сентября 2006 г. в Институте Системного Анализа РАН (ИСА РАН) открыт филиал кафедры. Создание филиала кафедры направлено на привлечение к проведению занятий ведущих специалистов РАН и участие студентов в реальной научной работе.
В ИСА РАН и ИПУ РАН также выполняются курсовые и дипломные проекты, часть студентов проходит исследовательскую практику. В учебных курсах внимание уделяется как освоению современных теоретических знаний, так и применению этих знаний на практике.
В качестве объектов исследования рассматриваются:
• космические аппараты;
• различные летательные аппараты (самолеты, вертолеты, ракеты);
• мобильные роботы;
• химические реакторы;
• компрессоры;
• и другие технические системы.
В частности, проект «Интеллектуальное управление роботом-манипулятором» награжден диплом на Всероссийской выставке научно-технического творчества молодежи в 2010 г. Всё программное обеспечение было разработана и реализовано студентами кафедры.
Большое внимание при обучении студентов кафедра уделяет современным информационным технологиям. Так, в рамках курса «Программные средства математического моделирования» студенты осваивают работу с пакетом MATLAB (программирование и различные инструментальные средства). Программа обучения включает объектно-ориентированное программирование на языке C#, основы языка SQL и математическую теорию реляционных баз данных, а также курс «Сетевые информационные технологии».
На кафедре разработан программный комплекс «Космический Конструктор». 
Комплекс предназначен для:
• визуального конструирования объёмных моделей космических станций
и аппаратов;
• вычисления инерционно-массовых характеристик космической станции
по известным характеристикам отдельных элементов конструкции;
• моделирования процесса переориентации космического аппарата и визуализации угловых движений коспического аппарата под воздействием управления;
• сравнения эффективности различных алгоритмов управления угловым положением космического аппарата.
Выпускники кафедры успешно работают в различных научно-исследовательских организациях (НИИСИ РАН, ЦНИИМАШ, ОАО «НПК «Системы прецизионного приборостроения», НИИ БМТ МГТУ им. Н.Э. Баумана), IT-компаниях (компании «ЛАНИТ», «Формоза») и других организациях.
Кафедра готовит научные кадры в области физико-математических наук по специальностям 05.13.01 — системный анализ, управление и обработка информации и 05.13.18 — математическое моделирование, численные методы и комплексы программ. Выпускники кафедры могут продолжить обучение как в аспирантуре МГТУ им. Н.Э. Баумана, так и в любом из сотрудничающих институтов академии наук. Активная научная работа сотрудников кафедры привела в 2006 году к формированию научной школы «Нелинейные динамические системы и процессы управления» под руководством академика РАН Коровина С.К. и члена-корреспондента РАН Крищенко А.П. В 2010 году эта школа приобрела статус ведущей, выиграв грант Президента Российской Федерации по государственной поддержке ведущих научных школ РФ (грант НШ-4144.2010.1).
Сотрудники кафедры «Математическое моделирование» под руководством профессора В.С. Зарубина и профессора А.П. Крищенко приняли активное участие в создании комплекса учебников «Математика в техническом университете», включающего 21 выпуск. Коллектив авторов комплекса «Математика в техническом университете» в 2004 г. был удостоен премии Правительства Российской Федерации в области науки и техники.